De geschiedenis van Risk of Rain draait om de planeet Petrichor V, waar geavanceerde menselijke technologie, de items die in de game te vinden zijn, neerstort op een planeet bewoond door vijandige wezens. Het kernconflict draait om de overlevenden en hun strijd om te ontsnappen tegen de goddelijke wezens van de planeet, de broers Providence en Mithrix. Hun conflict over hun creatie van een wezen dat sterk genoeg was om hen te bedreigen, de Aurelionite, leidde tot een kosmische strijd en uiteindelijk tot de crash van het schip UES Contact Light. De zoektocht van de mensheid naar overleving en ontsnapping op Petrichor V is een verhaal over overleven tegen schijnbaar onoverkomelijke kansen.